python之类型对象 'RestrictionType' 没有属性 'size'

我今天遇到了这个问题，想提出来看看有没有人看到过。搜索 Google/SO/Biostars 并没有带我到任何地方。

我正在运行一个简单的限制性分析(在随机生成的“基因组”上)，并收到此错误。如果我单独寻找 enzyme 的切割位点，它对每个都有效。但是，当我将它们放入 RestrictionBatch 时，我在类中遇到错误:

type object 'RestrictionType' has no attribute 'size' 

我放了一个 IPython notebook describing this .

版本: - 生物蟒 1.6.2 - IPython 1.1.0 - Python 2.7.6/Anaconda 1.8

我也用 Python 3.3 和 latest pull 试过这个来自 Biopython Git 存储库 - 同样的错误。

请您参考如下方法:

这是 iPython 的东西。可以隔离:

from Bio import Restriction as rst 
 
rst.EcoRI 

最后一行使 IPython 控制台崩溃并出现 AttributeError: type object 'RestrictionType' has no attribute 'size'，而它在 Python 控制台中运行得很好。奇怪的是:

rst.EcoRI.size 
getattr(rst.EcoRI, "size") 

在 IPython 控制台中给出预期的“6”。

这是我的解决方法，即时生成 enzyme (在 IPython 上):

from Bio.Restriction import Restriction as rst 
from Bio.Restriction.Restriction_Dictionary import rest_dict, typedict 
 
def create_enzyme(name): 
    e_types = [x for t, (x, y) in typedict.items() if name in y][0] 
    enzyme_types = tuple(getattr(rst, x) for x in e_types) 
    return rst.RestrictionType(name, enzyme_types, rest_dict[name]) 
 
rb = create_enzyme("EcoRI") + create_enzyme("MstI") 
# Or if you have a long list of restriction enzymes: 
# enzyme_list = ["EcoRI", "MstI"] 
# rb = reduce(lambda x, y: x + y, map(create_enzyme, enzyme_list)) 
 
# Now it works 
 
ana = rst.Analysis(rb, g, linear=True) 
ana.with_sites() 
 
Out[43]: 
 
{__main__.EcoRI: [1440, 
                  4108, 
                  12547, 
                  ...