我在 Mac OS 10.6.8 上运行 Python 3.3。我正在编写一个运行多个子进程的脚本，我想捕获每个子进程的输出并将其记录在一个文件中。我遇到了麻烦。
我首先尝试了以下方法:
import subprocess
logFile = open("log.txt", 'w')
proc = subprocess.Popen(args, stdout=logFile, stderr=logFile)
proc.wait()
这产生了一个空的 log.txt。在互联网上浏览了一下之后，我改为尝试这个
import subprocess
proc = subprocess.Popen(args, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
output, err = proc.communicate()
logFile = open("log.txt", 'w')
logFile.write(output)
这也产生了一个空的 log.txt。因此，我没有写入文件，而是尝试将输出打印到命令行:
output, err = proc.communicate()
print(output)
print(err)
产生这个的:
b''
b''
我尝试运行的进程是 fastq_quality_trimmer。它获取一个输入文件，过滤它，并将结果保存到一个新文件中。它只向标准输出写入几行，就像这样
Minimum Quality Threshold: 20
Minimum Length: 20
Input: 750000 reads.
Output: 750000 reads.
discarded 0 (0%) too-short reads.
如果我从命令行运行它并像这样重定向输出
fastq_quality_trimmer -Q 33 -v -t 50 -l 20 -i in.fq -o in_trimmed.fq > log.txt
输出成功写入log.txt。
我想当我用 Popen 调用 fastq_quality_trimmer 时，它可能无法运行，但我的脚本生成了一个过滤文件，与我从命令行运行 fastq_quality_trimmer 时生成的文件相同。所以它工作；我只是无法捕获输出。更令人困惑的是，我可以使用与我发布的内容基本相同的代码成功捕获其他进程(echo、其他 Python 脚本)的输出。
有什么想法吗？我是否漏掉了一些非常明显的东西？
请您参考如下方法:
你忘了一个逗号:
["fastq_quality_trimmer", "-Q", "33" "-v", "-t", "50", "-l", "20", "-i", leftInitial, "-o", leftTrimmed]
在 "33" 和 "-v" 之间添加它。
您实际上是在传递参数 -Q 33-v 而不是 -Q 33 -v。
Python 将连接两个相邻的字符串，如果它们之间只有空格:
>>> "33", "-v"
('33', '-v')
>>> "33" "-v"
'33-v'
由于 -v 是使 fastq_quality_trimmer 产生输出所需的详细开关，因此它会在丢失时保持沉默。
每当您在调用子进程时遇到问题，三次检查创建的命令行。在 args 前添加 ['echo'] 有助于:
proc = subprocess.Popen(['echo'] + args, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
output, err = proc.communicate()
print(output)
