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python之嵌套循环以在 Python 中查找所有可能的组合

2025年05月04日13小虾米

大家好,我有一个生物信息学问题需要帮助才能解决。它很长,但我会尝试将其分成更小的部分,任何帮助都很棒。

我有一个 RNA 长度为 'n' 的序列,由 4 个字母 A、U、C、G 组成,作为字符串导入 Python,可以折叠形成一个循环。通过匹配序列中的字母对,使 A 与 U 匹配,C 与 G 匹配,G 与 U 匹配,从而使字符串自身折叠起来,从而形成一个循环。

要注意的是,必须有三个或更多的字母彼此相邻组成一对,大于或等于 3 个字母组成一对,并且至少 3 个部分之间必须有间隙字母也是如此。

我尝试发布图片,但我没有足够的信誉点数:(

在我引用的期刊中,作者谈到了一种嵌套循环方法,可以在可能的情况下找到所有可能的组合,然后将它们包含在一个组中以供稍后调用。

我的问题是编写嵌套循环,因为我是编程和 Python 的新手。以及以可以识别对并可能将它们加在一起的方式存储序列。

再一次,任何帮助都会很棒,如果有任何不清楚的地方,请告诉我

编辑:

一个示例是 seq='aggcuugaguuu',其中一个输出显示 seq[0:2] 与 seq[9:11] 的配对,这意味着代码形式像 U 形。

如果您将绳子想象成一根实际的绳子,将其固定在 3 个点上,然后将其固定在三个不同的点上,然后将这些点接触在一起,这将导致绳子形成一个环。我正在寻找确定使用的 6 个点。

我不是在寻找为我编写的代码,我只是想知道一种编写代码的方法。

我尝试了一种方法,其中 seq1=input code 和 seq2=reverse input code 并沿着 seq1 移动 seq2 以寻找三个相邻对,但这没有给我正确的输出。

请您参考如下方法:

您是否考虑过使用来自 itertools 的产品.然后您可以迭代结果并仅选择您喜欢的这些结果。