<分区> 分区>
我在 test.fa 中有以下几行:
#test.fa
>1
AGAGGGAGCTG
CCTCAGGGCTG
CACTCAGGAAA
TTGGGGCGCTG
AGCATGGGGGG
CAGGAGGGGCC
我需要忽略以“>”开头的行,并将以下行连接成一个字符串。然而,下面的脚本不仅会跳过带有“>”的行,还会在连接剩余部分之前跳过下一行。
#!/usr/bin/env python
import sys
import re
string = ""
with open("test.fa","rt") as f:
for line in f:
if re.match(">",line):
line = f.next()
else:
line = line.rstrip("\n")
string = string + line
print (string)
任何人都可以帮助修复脚本,或者建议更好的方法吗?谢谢!!
