<分区> 分区>
目前这是我的 python 脚本 (TagGen),它具有一个功能:
def SJtag(file,len_tag):
import csv
reader = csv.reader(open(file), dialect='excel-tab' )
for row in reader:
qstarts = row[1].split(",")[1:-1]
n = len_tag/2
for i in qstarts:
name = row[0]
start = int(i)-n
if start<0:
start = 0
end = int(i)+n
if end>len(row[2]):
end=len(row[2])
tag = row[2][start:end]
print name, i, tag, len(tag)
SJtag("QstartRefseqhg19.head",80)
我想使用 bash 命令行为 SJtag 函数提供 file 和 len_tag 参数,如下所示:
python ./TagGen QstartRefseqhg19.head 80
我怎样才能做到这一点或类似的事情?
感谢您的帮助!
