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python之如何从核苷酸生成 IUPAC 代码

2025年05月04日22youxin

我想找到相当于 2 个不同核苷酸的 IUPAC。

示例:我有 A 和 C,我想要 M。 或者:我有 R 和 T,我想要 D。

在 Biopython 中有这样做的方法吗? (这听起来很简单,但我只找到了使用对齐来做到这一点的方法,这对我来说并不合适。)

谢谢!

请您参考如下方法:

我认为您正在寻找 Bio.Data.IUPACData 中的词典,例如:

>>> from Bio.Data import IUPACData 
>>> d = {v:k for k,v in IUPACData.ambiguous_dna_values.items()} 
>>> d['AC'] 
'M' 

注意,在这里反转字典映射意味着我们丢失了一个键,因为 'X' 和 'N' 都映射到 'GATC' .