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python之写入 .CSV 文件时出现问题

2025年05月04日30落叶

我有一个如下所示的文本文件:

地理列表.txt

Receptor Name:I151T.B99990002_mus.pdbqt 
Ligand Name: LIGAND 1 
Using random seed: 1896818552 
 
mode |   affinity | dist from best mode 
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b. 
-----+------------+----------+---------- 
     1        -10.7      0.000      0.000 
     2        -10.4      1.859      3.037 
     3        -10.1      1.992      3.474 
 
Receptor Name: I151T.B99990001_mus.pdbqt 
Liang Name: LIGAND 1 
Using random seed: 1896818552 
 
mode |   affinity | dist from best mode 
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b. 
-----+------------+----------+---------- 
     1         -9.5      0.000      0.000 
     2         -9.4      2.083      3.784 
     3         -9.0      2.471      8.360 
     4         -9.0      1.493      3.523 

我提取了带有模式“Receptor name:”的 header ,并通过正则表达式连接了它们的相应值。然后我尝试用它制作 CSV 文件。

import os  
import re 
import csv 
import sys 
 
h=open("path/geoList.txt","r") 
 
totallog=[] 
 
for line in h: 
    if line.startswith('Receptor Name:'): 
         prefix=line 
    elif re.search(r'^\s+\d', line): 
         totallog.append(re.sub(r'\s+',';',((str(re.findall(r'\d+',((prefix.strip().split("/")[-1])[:-10]).split(".")[0]))+(prefix.strip().split("/")[-1])[:-10]+line).replace("']",";")).replace("['",'').strip())) 
 
with open("Hi.CSV", 'wb') as csvfile: 
    logwriter = csv.writer(csvfile, delimiter=';', quoting=csv.QUOTE_MINIMAL) 
    logwriter.writerow(['MUTANTPOSITION','MUTANT','RANK','AFFINITY (kcal/mol)','DistFromRmsd l.b.','BestModeRmsd u.b.']) 
    k=sorted(totallog,key=lambda x:float(x.split(';')[-3])) 
    for i in k: 
        logwriter.writerow(i) 

我的输出:

MUTANTPOSITION;MUTANT;RANK;AFFINITY (kcal/mol);DistFromRmsd l.b.;BestModeRmsd u.b. 
1;5;1;";";I;1;5;1;T;.;B;9;9;9;9;0;0;0;2;";";1;";";-;1;0;.;7;";";0;.;0;0;0;";";0;.;0;0;0 
1;5;1;";";I;1;5;1;T;.;B;9;9;9;9;0;0;0;2;";";2;";";-;1;0;.;4;";";1;.;8;5;9;";";3;.;0;3;7 
1;5;1;";";I;1;5;1;T;.;B;9;9;9;9;0;0;0;2;";";3;";";-;1;0;.;1;";";1;.;9;9;2;";";3;.;4;7;4 
1;5;1;";";I;1;5;1;T;.;B;9;9;9;9;0;0;0;1;";";1;";";-;9;.;5;";";0;.;0;0;0;";";0;.;0;0;0 
1;5;1;";";I;1;5;1;T;.;B;9;9;9;9;0;0;0;1;";";2;";";-;9;.;4;";";2;.;0;8;3;";";3;.;7;8;4 
1;5;1;";";I;1;5;1;T;.;B;9;9;9;9;0;0;0;1;";";3;";";-;9;.;0;";";2;.;4;7;1;";";8;.;3;6;0 
1;5;1;";";I;1;5;1;T;.;B;9;9;9;9;0;0;0;1;";";4;";";-;9;.;0;";";1;.;4;9;3;";";3;.;5;2;3 

但是,这里每个字符都用';'分隔.我真的不知道这是怎么回事。

我想要如下输出:

MUTANTPOSITIONMUTANTRANKAFFINITY (kcal/mol)DistFromRmsd l.b.BestModeRmsd u.b. 
151;I151T.B99990002;1;-10.7;0.000;0.000 
151;I151T.B99990002;2;-10.4;1.859;3.037 
151;I151T.B99990002;3;-10.1;1.992;3.474 
151;I151T.B99990001;1;-9.5;0.000;0.000 
151;I151T.B99990001;2;-9.4;2.083;3.784 
151;I151T.B99990001;3;-9.0;2.471;8.360 
151;I151T.B99990001;4;-9.0;1.493;3.523 

如果有人知道该怎么做,你能帮我解决这个问题吗。

提前致谢

请您参考如下方法:

import os  
import re 
import csv 
import sys 
 
h=open("geoList.txt","r") 
 
totallog=[] 
 
for line in h: 
    if line.startswith('Receptor Name:'): 
         prefix=line 
    elif re.search(r'^\s+\d', line): 
         totallog.append(re.sub(r'\s+',';',((str(re.findall(r'\d+',((prefix.strip().split("/")[-1])[:-10]).split(".")[0]))+(prefix.strip().split("/")[-1])[:-10]+line).replace("']",";")).replace("['",'').strip())) 
 
with open("Hi.CSV", 'wb') as csvfile: 
    logwriter = csv.writer(csvfile, quoting=csv.QUOTE_MINIMAL) 
    logwriter.writerow(['MUTANTPOSITION','MUTANT','RANK','AFFINITY (kcal/mol)','DistFromRmsd l.b.','BestModeRmsd u.b.']) 
    k=sorted(totallog,key=lambda x:float(x.split(';')[-3])) 
 
 
    for i in k: 
        logwriter.writerow(i.split(';')) 

输出是:

MUTANTPOSITION,MUTANT,RANK,AFFINITY (kcal/mol),DistFromRmsd l.b.,BestModeRmsd u.b. 
151,Receptor,Name:I151T.B99990002,1,-10.7,0.000,0.000 
151,Receptor,Name:I151T.B99990002,2,-10.4,1.859,3.037 
151,Receptor,Name:I151T.B99990002,3,-10.1,1.992,3.474 
151,Receptor,Name:,I151T.B99990001,1,-9.5,0.000,0.000 
151,Receptor,Name:,I151T.B99990001,2,-9.4,2.083,3.784 
151,Receptor,Name:,I151T.B99990001,3,-9.0,2.471,8.360 
151,Receptor,Name:,I151T.B99990001,4,-9.0,1.493,3.523