我正在尝试使用 new regex findall 索引匹配项, 以便可以考虑重叠匹配。但是,我只能找到匹配项,但不能正确地给出它们的位置。
我的代码:
import regex as re
seq = "ATCCAAGGAGTTTGCAGAGGTGGCGTTTGCAGCATGAGAT"
substring="GTTTGCAG"
xx=re.findall(substring,seq,overlapped=True)
print xx
xx 看起来像
['GTTTGCAG', 'GTTTGCAG']
因为10-17和25-32位置有两场比赛
但是我怎样才能得到这些数字呢?通过检查 dir(xx),没有我可以在这个新函数中使用的开始/结束/位置。 (我尝试了 xx.index(substring),但这似乎只给出了结果列表的索引:例如,在这种情况下为 0 和 1)
谢谢。
请您参考如下方法:
这对长度等于模式长度的子字符串进行迭代,并与我们的模式进行比较。如果它们相同,它会记住字符串中的开始和结束索引。它简单的列表理解。
sequence = "ATCCAAGGAGTTTGCAGAGGTGGCGTTTGCAGCATGAGAT"
substring = "GTTTGCAG"
def find_indexes(seq, sub):
return [(sub, i, len(sub)+i) for i in range(0, len(seq), 1) if seq[i:len(sub)+i] == sub]
print find_indexes(sequence, substring)
输出:
[('GTTTGCAG', 9, 17), ('GTTTGCAG', 24, 32)]
