我不确定这个问题的标题是否合适，所以欢迎大家编辑。谢谢!
我的问题是，如果我有一串蛋白质序列:
seq='MIGQFGL'
我怎样才能把它转换成这样的:
MET 1
ILE 2
GLY 3
GLN 4
PHE 5
GLY 6
LEU 7
这是我试过的:
f= open("protein.seq", "w")
seq = 'MIGQFGL'
d = {'C': 'CYS', 'D': 'ASP', 'S': 'SER', 'Q': 'GLN', 'K': 'LYS',
'I': 'ILE', 'P': 'PRO', 'T': 'THR', 'F': 'PHE', 'N': 'ASN',
'G': 'GLY', 'H': 'HIS', 'L': 'LEU', 'R': 'ARG', 'W': 'TRP',
'A': 'ALA', 'V':'VAL', 'E': 'GLU', 'Y': 'TYR', 'M': 'MET'}
sp = list(seq)
rep = '\n'.join(d.get(e,e) for e in sp) #to replace the items in list 'sp' with corresponding dictionary values
no = list(range(1,8))
n = '\n'.join(str(x) for x in no)
line = "{}\t{}\n".format(rep,n)
f.write(line)
但这就是我得到的:
MET
ILE
GLY
GLN
PHE
GLY
LEU 1
2
3
4
5
6
7
因此，我更改了这一行:
line = "{}\t{}\n".format(rep,n)
到:
line = "{}\t{}\n".format(zip(rep,n))
但是我得到了:
Traceback (most recent call last):
File "protein.py", line 15, in <module>
line = "{}\t{}\n".format(zip(rep,n))
IndexError: tuple index out of range
我做错了什么？提前致谢!
注意:我使用 Python 3。
请您参考如下方法:
使用 enumerate 会得到你想要的东西
rep = '\n'.join('{0} {1}'.format(d.get(s,s), i+1) for i, s in enumerate(seq))
此外，最好在文件处理时使用 with，因为它既安全又整洁。即
with open('proteins.seq', 'w') as f:
f.write(rep)
