我有一个由 20 个字符组成的字符串 S:
S='ARNDCEQGHILKMFPSTWYV'
我需要根据给定的输入 k 生成所有可能的 k-mer 组合。
当 k == 3 时，有 8000 种组合(20*20*20)，输出列表如下所示:
output = ['AAA', 'AAR', ..., 'AVV', ..., 'VVV'] #len(output)=8000
当 k == 2 时，有 400 种组合 (20*20)，输出列表如下所示:
output = ['AA', 'AR', 'AN', ..., 'VV'] #len(output)=400
当k == 1时，则只有20种组合:
output =['A', 'R', 'N', ..., 'Y', 'V'] #len(output)=20
我知道如果数字 k 是固定的，比如如果 k == 3，那么我可以这样做:
for a in S:
for b in S:
for c in S:
output.append(a+b+c)
#then len(output)=8000
但是数字 k 是随机选择的。 我尝试使用排列，但它没有给我包含重复字母的字符串，例如 'AAA'，但也许可以，但我只是做错了。
请您参考如下方法:
您要找的是itertools.product() .您可以使用 repeat 参数作为算法中 k 的数量。
from itertools import product
...
list(product('ARNDCEQGHILKMFPSTWYV', repeat=2)) # len = 400
list(product('ARNDCEQGHILKMFPSTWYV', repeat=3)) # len = 8000
请记住，它默认返回字符元组，如果你想要字符串，你可以使用列表推导式加入，如下所示:
[''.join(c) for c in product('ARNDCEQGHILKMFPSTWYV', repeat=3)]
# ['AAA', 'AAR', ..., 'AVV', ..., 'VVV']
